BHXH tỉnh Phú Yên được thành lập theo Quyết định số 113/QĐ-TCCB ngày 4/8/1995 của Tổng Giám đốc BHXH Việt  Nam; là cơ quan trực thuộc BHXH Việt Nam đặt tại tỉnh, có chức năng giúp Tổng Giám đốc BHXH Việt Nam (sau đây gọi là Tổng Giám đốc) tổ chức thực hiện các chế độ, chính sách BHXH, BHYT; tổ chức thu, chi chế độ bảo hiểm thất nghiệp; quản lý và sử dụng các quỹ: BHXH, bảo hiểm thất nghiệp, BHYT và kiểm tra việc thực hiện các chế độ BHXH, bảo hiểm thất nghiệp, BHYT trên địa bàn tỉnh theo quy định của pháp luật và quy định của BHXH Việt Nam (sau đây gọi chung là theo quy định). BHXH tỉnh chịu sự quản lý trực tiếp, toàn diện của Tổng Giám đốc và chịu sự quản lý hành chính nhà nước trên địa bàn tỉnh của Ủy ban nhân dân tỉnh.

Ngày 16/8/1995, Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên ban hành Quyết định số 1.004/QĐ-UB chỉ đạo ngành LĐ-TBXH và Liên đoàn Lao động tỉnh chuyển giao sự nghiệp BHXH sang BHXH Việt Nam quản lý theo hệ thống dọc. Ngày 31/8/1995, BHXH tỉnh Phú Yên chính thức nhận bàn giao nhiệm vụ, tổ chức và nhân sự BHXH của hai ngành chuyển sang theo tinh thần Thông tư 125/TT-LB ngày 24/6/1995 của Liên Bộ: Ban tổ chức Chính Phủ - Bộ LĐ-TB&XH - Tổng LĐLĐ Việt Nam và chính thức đi vào hoạt động ngày 01/9/1995. Đến đầu năm 2003, BHXH tỉnh tiếp nhận hệ thống BHYT chuyển sang theo Quyết định số 20/200/QĐ-TTg ngày 24/1/2002 của Thủ tướng Chính Phủ.

Khi mới thành lập, BHXH tỉnh Phú Yên chỉ có 04 phòng nghiệp vụ, 06 BHXH huyện, thị xã với tổng số công chức, viên chức là 50 người. Đến nay, toàn hệ thống BHXH tỉnh có 08 phòng nghiệp vụ, 08 BHXH huyện, thị xã với tổng số công chức, viên chức, người lao động gần 200 người.

 Các thế hệ cán bộ, công chức, viên chức BHXH tỉnh luôn phát huy truyền thống đoàn kết, tận tậm phục vụ đối tượng, nỗ lực hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ thực hiện chế độ, chính sách BHXH, BHYT ở địa phương với thành tích năm sau cao hơn năm trước.